（一）中央企业内部控制方面存在的问题
1.治理结构不完善，内部控制环境薄弱
2008年末，我国141家中央企业中，按《公司法》注册的只有21家，不足15%.许多中央企业名义上是公司，实际是国有企业改制成为国有独资公司的，仍按《企业法》注册，受《企业法》调整。这种股权结构单一的公司治理结构存在先天缺陷。决策层与管理层交叉任职，关键时刻往往是管理层“人治”代替“法治”，董事会的监督和制衡功能被严重削弱，内部监督也难以真正发挥作用，导致企业内部控制环境薄弱。
2.管理链条长，主业不清晰
管理链条过长，必然造成信息传递不畅，母公司战略意图难以贯彻。此外，一些中央企业历史上形成的多种经营、主业不突出问题尚没有得到彻底解决，部分中央企业又因为在发展过程中缺乏战略性思考，贪大求快，盲目追求多元化，造成新的主业不明问题，使得中央企业面对更加复杂条件下的内部控制设计，不得不加大内部控制成本。
3.对内部控制理解不到位
在观念上还有不少人将内部控制活动与内部控制体系划等号。例如，通常我们所说的授权审批、不相容岗位的分离等，仅仅是内部控制中与会计控制相关联的一小部分控制活动，除此之外，内部环境、风险评估、信息与沟通、内部监督也是内部控制不可缺少的要素。五个要素构成一套完整的体系，贯穿于企业经营的全过程。
另外，高级管理人员往往被排除在控制体系之外。然而，恰恰由于经营层所处地位和掌握的权力远非基层员工可比，一旦发生问题，造成的后果将更加严重。
4.“走出去”加大控制难度
近年来，越来越多的中央企业开始在世界经济的舞台上崭露头角，企业战线更长，布局更分散，加之国际市场情况复杂多变，大大增加了中央企业内部控制的难度。
（二）改善内部控制的几点建议
1.深化国企改革，治理内部控制环境
内部控制诸要素中，内部环境被放在了首位，足见其重要性。有效的内部控制需要有良好的控制环境作基础，而完善控制环境的关键，是建立现代企业制度，规范公司治理结构。2001年，证监会率先推出《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》，要求上市公司按一定比例选聘独立的外部董事。但在实际运行中，“独立董事不独立”或是“独立董事成咨询”，又使其作用大打折扣。怎样才能真正优化公司治理结构，中央企业深化改革的关键又在哪里？
十六届三中全会以来，国资委在规范中央企业法人治理结构等方面进行了大量有益的探索，以健全外部董事制度和授予董事会部分出资人的权力为核心的国有独资企业董事会试点工作已收到了显著效果。但从长远看，要优化内部控制环境，从根本上改变内部人治理状况，还应当从继续深化改革入手，有条件地发展混合所有制经济，积极推进中央企业产权多元化，以便从体制上确立董事会在内部控制系统中的核心地位，保证企业内部监督落到实处。
2.扁平管理，畅通信息，突出主业
坚决处置长期处于管理链条末端的子企业，提升存续子企业的管理级次，努力实现扁平化、集权化管理；建立良好的信息共享平台和信息沟通系统，畅通对话渠道，保证信息在各部门、各级层间有序传递、迅速反馈，不但能够防微杜渐，及时解决发现的问题，将损失控制在最小范围，还可以帮助企业未雨绸缪，避免损失发生；突出经营主业对于内部控制同样具有重要意义，可以使企业明确内部控制的重点，合理设计控制机制，把好钢使在刀刃上。
3.提高认识，完善内部控制体系
加大《企业内部控制基本规范》的宣传力度，使管理层和员工都认识到，内部控制是全员参与、全过程管理的系统工程，任何人、任何事都不能游离于控制体系之外。在此基础上，企业要在完善内部控制体系，特别是在内部控制机制设计上下功夫。有效的内部控制体系，应当包括内部控制制度构建和内部控制机制设计两个方面。只有更新观念，构筑起严密的内控体系，健全机构，明确责权，并且坚持制定制度、贯彻执行、考核评价三位一体，才能真正发挥内部控制在企业管理中的作用，避免控制制度成为一纸空文。
4.内部控制要注重以人为本
首先，要加强教育，提高员工道德素质。结合正反两方面的经验教训，不间断地对员工进行职业道德教育，调动和发挥好人的主观能动性，为内部控制奠定道德基础。其次，奖惩并举，完善配套的激励机制。要防患于未然，避免为蝇头小利铤而走险的行为，使内部控制更加有效。最后，重视监督，自律与他律相结合。企业不仅要构建严密的控制制度，还要建立具有操作性的道德规范与行为准则，充分发挥各种内部监督作用。
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