专项资金主要具有以下性质和特征：
1.无偿性：国内（外）政府对某一项目的扶持所拨给的资金不需偿还。
2.有偿性：国内和国外政府对某一项目扶持的专项低息贷款，需要偿还。
3.复杂性：专项资金来源渠道多，使用广，要层层分解，又层层下拨通过各级财政拨付中转到项目单位。
4.目标性：专项资金使用后，必须达到预期目标，凸显其作用。
5.针对性：国家不是普遍拨放，而是针对某一行业或某一地区的专门项目而拨或贷的资金，因此具有很强的区域性、专项性。
由于审计专项资金具有一定的难度，尽管各级审计人员长期以来认真进行艰苦努力工作，为确保国家资金安全做了大量有益的工作，取得了可喜的业绩。但专项资金审计仍然存在一些“盲点”而使专项资金审计工作与国家的目标仍然有一定的差距，其表现为：
1.专项资金使用前期费用开支。
每个专项资金的使用，目前通常存在前期围绕项目而发生的前期费用，按说项目单位应当有所投入，但通常都在项目资金到后支付，有的数额较大，而审计时无法界定，其合理性、合法性，甚至出现违法违规行为难以审清。
2.专项资金使用部门上下联手改变用途。
专项资金来源渠道，从中央到县，要经过省、市、县多个主管部门，因此往往会层层“拔毛”或变相使用，甚至下级作为项目费用返给一部分上级部门作为对项目的支持，基层审计部门对此“望尘莫及”。
3.领导批准，挪作他用。
有些项目资金到达项目目的地，有的地方领导批准改变使用途径，甚至有“内部”文件，作为集体研究决定其改变使用途径，审计人员无法审实。
4.以国家相关政策为由，拨贷私营（外商）企业。
有的项目资金由于其使用涵盖范围广泛，如果监督不到的话，致使一些权力人，以国家有政策规定名义，拨入私营（外商）企业；如正当使用无可非议，如果以“人情”、“暗股”拨或贷入就会滋生腐败，因为外商私营企业不能审计，即使去审计也要办理名目繁多的手续，谁会去惹麻烦，谁会去担干扰外商（私营）投资环境的风险呢？
综上所述，专项资金审计，由于上述的“不确定”因素存在而难以审实、审透、审清，从而使专项资金审计“失真”而形成“盲点”。
针对专项资金存在的“盲点”问题，作为审计部门并不能听之任之，应当采取相应的措施和方法，妥善处理好，并立足以下几个方面：
1.对前期费用，建议项目最高权力的部门作出相应规定，以制度管好前期费用，防止过多、过滥，确保有效资金使用在项目上。
2.对于各级项目资金经过部门挪用、截留等情况，各级审计部门要密切配合，追回资金，严查处理，确保资金使用安全性。
3.对于违反专项资金使用的部门和责任人，要加大公告力度，对相关的人员坚持谁审批，谁负责，追究谁的原则，加大处罚力度，增强法律的震慑力。
4.加大专项资金延伸审计力度，增加资金使用的透明度，对有外商（私营）企业使用了这些资金的都必须接受审计监督，取消外商使用专项资金免检的“豁免权”。随着各级政府对国计民生的专项资金相关投入加大，专项资金审计应当引起各级政府高度重视，提高专项资金使用的效率，为专项资金审计消除“盲点”提供支持，使专项资金安全有效使用，为建设和谐社会发挥应有的效果。
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