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我公司在2006年开办，开办之初拟实行年薪制，但方案未定，故前11个月只支付了基本工资，没有发放奖金。现在年薪已经确定，一次补发前几个月的奖金(列明每月奖金的清单)，请问怎样扣除个人所得税?
解答
贵公司年终向员工发放的年薪应按发放一次性奖金来进行个人所得税的处理。根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）第四条规定：“实行年薪制和绩效工资的单位，个人取得年终兑现的年薪和绩效工资按本通知第二条、第三条执行。”
上述国税发[2005]9号文第二条规定：“纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：
（一）先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。
如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除‘雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额’后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
（二）将雇员个人当月内取得的全年一次性奖金，按本条第（一）项确定的适用税率和速算扣除数计算征税，计算公式如下：
1.如果雇员当月工资薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额的，适用公式为：
应纳税额＝雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数
2.如果雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额的，适用公式为：应纳税额＝（雇员当月取得全年一次性奖金－雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额）×适用税率-速算扣除数”
该文第三条规定：“在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。”
根据上述规定，贵公司向员工发放的上述年薪应单独作为一个月工资、薪金所得，按上述国税发[2005]9号文第二条的规定计算扣缴其个人所得税。
另外，上述国税发[2005]9号文第五条规定：“雇员取得除全年一次性奖金以外的其它各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。”
(洛熙)